“把流域管理和行政区域管理结合起来，目前不可行。”陈爱平对修订后的《水法》里的相关条款并不同意，他强调：“中国的现实情况是，所有的资源都是通过行政区划来进行管理和分配的，流域管理应该限定在一定范围内。”在他看来，流域管理最好是对特定的资源，比如水资源、岸线资源、土地资源进行流域管理，比如沿江两岸水利的分配，在什么地方可以建高耗水的产业，水资源的分配和岸线资源，在什么地方可以建港口，港口的规模和等级等等。

至于谁可以承担长江流域的统一规划和协调，陈爱平认为，国家发改委是天然的领导者和协调者——国家发改委本身就是整个中国经济的规划者，而且最近几年，国家发改委地区司参考借鉴密西西比河开发和德国开发莱茵河的经验，完成了对长三角地区的规划。

“整个长江流域的整体发展规划也应该由发改委来做。”陈爱平说，要综合考虑岸线怎么规划，水资源怎么利用，怎么均衡分配这些资源，产业发展的目标是什么，城市群发展的目标是什么。

中国社会科学院工业经济研究所工业布局与区域经济研究室主任魏后凯博士也主张长江流域的整体规划应该由发改委牵头进行。他指出：“流域规划并不仅仅涉及水资源的规划问题，包括与之相关的产业布局、经济协调等多个方面。”

“其实，没有必要针对长江流域单独设立高级别的协调机构。”魏后凯建议，中国可以针对流域、大都市圈等大区域的发展，统一建立国务院国家区域政策委员会或者国家区域开发总署等类似的机构，统一对各个区域发展做总体规划和协调各个利益主体。

华东师范大学长江流域发展研究院负责人沈玉芳教授也不主张利用长江委为平台构建未来的大长江委，他强调首要的是人大立法，而不是提升某个机构的行政职能，功能有限的长江委更难以担当此任。沈的另一个身份是全国经济地理研究会副会长，10多年来一直奔波于长江沿岸和长三角地区，对长江流域的诸多问题进行过深入研究。

沈玉芳并不反对构建一个更高级别的协调机构，他也注意到，由于没有明确的长江战略，沿江经济开发缺乏一个统一的协调机制，各个地方无序开发、过度开发的现象比较严重，但他认为迫切需要的是一个协调机制。“长江沿线需要协调的比其他地方更为迫切和更多，所有的这些都有必要建立长江战略。”但类似的协调机制，沈玉芳不建议由长江委牵头，也不建议交发改委负责，“国务院可以协调牵头，但不能回到计划经济的老路上去”。

“解决办法是行政区域管理淡化。”这位伦敦政治经济学院区域规划学博士认为，长江流域内的协调和危机的解决，最终需要政治和政府的退出。“行政手段应该是弥补长江协调的不足，而不是代替。”他说，“在流域协调发展上，即使成立了更高级别的机构也还会有问题，体制问题的矛盾是根深蒂固的。”

这或许是问题的根本，有批评者也认为，重新构建长江流域管理体制，不是权力的再分配或者简单的扩大某个部门的权力，如果没有像西方流域治理过程中在严肃法律框架下的协商、各相关利益方的参与机制，以及给予弱势声音充分的表达平台，由谁牵头和成立什么样的机构，都没有本质意义。