公元1644年，吴三桂拱手开关，引清兵铁骑长驱直入，汉人统治的大明江山，一夜间换了旌旗，之后《永乐大典》也成了深宫中无人问津的前朝遗物。直到又一位雄心勃勃编纂一套传世大书的皇帝---乾隆，为编《四库全书》，才想到被束之高阁已久的《永乐大典》。

张志清：因为乾隆皇帝要编《四库全书》，编《四库全书》古代是有很多书实际上是找不到了，怎么办呢？因为它们都藏在《永乐大典》里边，他就希望呢，能够开这个四库馆第一步所做的工作就是从《永乐大典》里面要集出这些古代的书来，当时是一找呢只有九千多册，所以乾隆皇帝当时就是问这到底是为什么，那么下边的翰林们就回答，就是可能是前朝的臣子们，在这个宫里边找到这个书了，带回家去了，所以他就下了命令到这些人家里面去找，在找的过程中乾隆皇帝也特别恩准说是拿回去就拿回去了，你只要是把它拿出来，这就不治罪，当然最后呢他们这些家里全都说没有，当然这也是个谜，但是我们觉得呢，从一万多册到九千多册，这应该是它的副本应该是第一个劫难，当然这个劫难是不是我们现在所说的人为的，现在还有待考证。

王鲁湘：还没有证据。

张志清：在乾隆皇帝他在编修《四库全书》的时候也有这样子的事情，就是从《永乐大典》里面来集书，有的臣子，现在记载，比如说像黄寿龄，他就丢了六本，他把这六本书拿回家去，这六本书结果就被小偷偷掉了，偷掉之后就赶快找，最后就在运河边上就找到了，这个书它还是有的，就是小偷可能也是觉得风声比较紧，把这个书就给扔掉了，因为也不是金银财宝，这个书呢还是保存下来了，但是呢，因为这样的事情，乾隆皇帝也是比较震怒，当时是罚了黄寿龄三年的俸禄。

王鲁湘：扣了三年工资。

张志清：他就是非常严格对于对这个书的管理。

《四库全书》从《永乐大典》集出514种书以后，乾隆皇帝对这部书就失去了以往的重视。《永乐大典》被放置在翰林院，因疏于管理而严重流失。

张志清：在以后流传的过程中，就不断的有翰林院的臣子们，或者其它的人。

王鲁湘：夹带出去了。

张志清：那么现在知道的，比如说有的臣子们，早晨上朝的时候，他把这个朝服背个包背着，那么这个看门的一看，背着个包，走的时候呢，就把，就用这个包袱背个一两册《永乐大典》背在包袱里面，把朝服穿上，这样看门的一看，他来的时候背一个包走的时候是也背了一个包，所以就用这种办法来偷盗《永乐大典》。

王鲁湘：那个时候没有我们现在的安检。

张志清：是的是的，所以这样的话呢很多《永乐大典》就这样流失掉了。

王鲁湘：到了民间了。

张志清：对，当然也有很多因为保管不赡。

王鲁湘：被虫蛀了或者是损毁了。

张志清：在翰林院里就被损毁了。

1900年，义和团与八国联军交战，战火殃及翰林院，《永乐大典》遭遇有史以来最大的一场浩劫。

李际宁：这是清代末年《永乐大典》遭受的火灾，证据在哪，就是这里。

王鲁湘：有火烧痕迹。