小山六之助的想法与日本政府此时的意图大相径庭。日本政府本来拟就的谈判方略是借战争逼迫清政府签订不平等条约，然后见好就收。此时的伊藤博文最担心的就是有什么把柄落在列强手中，让一直虎视眈眈的西洋各国从中干涉，坐收渔翁之利。小山六之助的行为恰恰无异于授人以柄。难怪伊藤博文闻讯后气急败坏地发怒道：这一事件的发生比战场上一两个师团的溃败还要严重！

李鸿章遇刺的第二天，清政府给李鸿章来电，除慰问伤势之外，还指示应趁“彼正理曲之时，李鸿章据礼与争，或不至终秘不与。”当时，如果李鸿章就势回国，再怂恿列强进行干涉，也许《马关条约》的内容就不会是后来那个样子。可是被列强与日本欺负得没脾气的清政府压根儿没有想过可以利用列强之间的矛盾，只是担心如果不及早结束谈判，在华日军将会继续制造战端，危及京师安全。

28日，当伊藤博文再次来到李鸿章的驿所，告之日本天皇已下令停战时，李鸿章不禁喜出望外，他没有想到，几天来在谈判桌上口干舌燥没能取得的战果，竟然会因为自己的遇刺而峰回路转。30日，中日停战条约签字。

1895年4月17日，李鸿章与日本代表签订了丧权辱国的中日《马关条约》。条约规定：清政府承认朝鲜“独立自主”；割辽东半岛、台湾、澎湖列岛及附属岛屿给日本；赔偿日本军费白银二亿两；增开重庆、沙市、苏州、杭州为通商口岸；开辟内河新航线；允许日本在中国的通商口岸开设工厂，产品运销中国内地免收内地税。