据台湾《联合报》的消息，马英九要求台湾军队要有针对性的研拟两岸直航的相关配套措施。台湾军方认为，两岸一旦直航，就会压缩台湾军队的预警反应的时间，造成监测和战备的漏洞，还会切割台军的海空训练的空域，暴露台湾防空的弱点。

而为了减少军事影响，台湾军队根据马英九和台湾军方首长的要求，配合民航局制定相关的军事机制，减少直航对于台湾安全的威胁。而另一方面台湾军方根据美国提供的情报显示说，中国大陆解放军频繁加强对台海的军事活动，10多年以来从来没有间断。

过去10年，大陆战机在台海的活动从每年400架次增加到了2000架次，过去3年以来，大陆的间谍船对台湾海峡中线以外的外侧，进行了20次的军事侦察，大陆解放军大量的潜艇也在台湾的周边活动。而台湾军方认为，大陆不间断的加紧侦测台湾的军事防卫能力，同时也为大陆解放军提供了贴近实战的训练机会。

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