据台湾《中央社》的消息，台湾的军方首长在马英九正式上任之后表示，台湾的军事战略也要调整为海岛守势作战，要减少台湾各军兵种人员的配比，台军将会继续进行精兵的方案，把27万的台湾军队降为20万人，实行募兵制，预兵于民。

而台湾军队也不再提陈水扁时代的口号“为台湾而战”，口号改为“为中华民国而战”。而马英九就明确表示，在他有生之年都不会搞统一。在他上台之后，美国和台湾的军事交流将会更加加强，美国会继续向台湾出售先进的武器。

而台湾的军事评论界认为，在马英九上任之后，台湾对美国的军购将会转向，可能会舍弃潜艇，只买或者租用美军的F-16CD型战机。美国就重申会依据所谓台湾关系法，继续保证向台湾出售武器，提供防御性的武器。

不过台湾军方表示，美国从来只会卖给台湾二、三线或者退役的武器装备，不能太过指望美国提供先进的武器，台湾要加强自主研发先进武器。

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