1991年12月16日，大陆社会团体法人性质的民间团体“海峡两岸关系协会”在北京成立，它以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。汪道涵被选举为海协会首任会长，唐树备为常务副会长，秘书长为邹哲开。海协会和海基会成立后，充分发挥了沟通化解的桥梁作用。一年内，合作处理了各类突发事件24起，包括渔事纠纷6起、台军驱逐大陆渔民伤亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相当良好的协调关系。
鉴于僵化的“三不政策”，台湾当局无法与祖国大陆进行正式的接触与谈判。1990年11月21日，为应付两岸关系发展的需要以及推行有限的大陆政策，台湾当局成立了“财团法人海峡交流基金会”(简称海基会)，并于1991年3月9日正式挂牌工作。这是以民间团体身份出现的半官方机构，直属于“行政院大陆委员会”，任务是接受“陆委会”的委托，办理台湾当局“不便与不能出面的两岸事务”，人称“陆委会”手套。海基会的首任董事长为国民党中常委、台水泥业巨富辜振甫，副董事长兼秘书长为陈长文、副秘书长为陈荣杰。
海基会成立时的定位是“协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务，以保障两地人民权益为宗旨，不以营利为目的”。
该会的主要工作有如下7项业务：
一、两岸人民入出境收件、核转及有关证件签发补发。
二、大陆地区文书验证、身份关系证明、协助诉讼文书送达及两地人犯遣返。
三、大陆地区经贸资讯的收集发布，间接贸易、投资及其争议的协调处理。
四、两岸人民有关文化交流事宜。
五、协助保障台湾地区人民在祖国大陆地区停留期间的合法权益。
六、两岸人民往来有关咨询服务。
七、“政府”委托办理的其他事项。
该会成立后立即承担先前由红十字会负责的有关两岸事务性的接触和交往的职能，并派遣该会人士访问祖国大陆各相关部门，建立沟通管道。
1991年12月16日，大陆社会团体法人性质的民间团体“海峡两岸关系协会”在北京成立，它以促进海峡两岸交往，发展两岸关系，实现祖国和平统一为宗旨。汪道涵被选举为海协会首任会长，唐树备为常务副会长，秘书长为邹哲开。
海协会成立后的工作重点主要有4项：
一、逐步建立和发展与台湾岛内外民间团体、人士的联系与相互合作，发挥民间力量，共同促进两岸的直接“三通”和双向交流。根据国台办的授权，协会将负责与台湾海峡交流基金会有关团体进行联系，处理相关问题。
二、就合作打击台湾海峡海上走私、抢劫等问题与台湾授权团体海基会具体商谈。
三、协会如受到委托，也将协同有关方面与台湾授权团体或人士就处理台湾海峡海上渔事纠纷和违反有关规定进入对方地区之居民及相关问题进行商谈。
四、协会将积极为台湾岛内外各团体、各界人士提供有关祖国大陆投资、贸易和其他交流活动的政策、法规等咨询和服务。同时也积极向祖国大陆有关方面和地方提供对台文化、学术、体育、科技交流等咨询。
两会成立后，充分发挥了沟通化解的桥梁作用。一年内，合作处理了各类突发事件24起，包括渔事纠纷6起、台军驱逐大陆渔民伤亡事件10起，刑事案件8起，建立起了相当良好的协调关系。
1993年4月，海协会会长汪道涵和海基会董事长辜振甫在新加坡举行会谈，这是自1949年以来两岸高层人士首次以民间名义进行的公开会晤。这次会晤建立了两岸制度化协商的机制，标志着两岸关系迈出了历史性的重要一步。“汪辜会谈”签署了《汪辜会谈共同协议》等4项协议，推动了两岸经贸往来和民间交流的发展。此后，双方又举行了20多次不同层级的商谈以及1998年在上海举行的“汪辜会晤”。这一期间两会协商取得的成果，受到了两岸同胞的欢迎和国际社会的肯定。
1999年李登辉抛出“两国论”后，两会商谈被迫中断。
2008年3月以后，台湾局势发生了积极变化，两岸关系发展面临着难得的历史机遇。海基会、海协会先后改组，并同意在“九二共识”基础上尽快恢复商谈。5月28日，胡锦涛会见率团来访的国民党主席吴伯雄并同他举行会谈。两党领导人会谈达成的重要共识之一，就是尽快恢复两会的交往协商。
2008年6月12日至14日，海协会与海基会在北京恢复了中断九年之久的商谈，标志着新形势下两岸关系改善和发展有了一个良好开端。两会就两岸周末包机、大陆居民赴台旅游议题进行了平等协商并签署协议。两会还就海协会会长陈云林年内率海协会代表团赴台访问并进行两会协商达成了共识。两会成功复谈表明，只要双方秉持建立互信、搁置争议、求同存异、共创双赢的精神，就一定能够不断推动两岸商谈进程，不断取得更多积极成果。
2008年10月27日，两会在深圳举行预备性磋商并商定：陈云林一行于11月3日至7日访问台湾。两会将在台北举行第二次领导人会谈及工作性商谈，协商解决两岸海运直航、两岸货运包机、平日包机及建立空中直达双向新航路、两岸邮政合作、两岸食品安全等问题，争取达成一致意见，并签署协议。
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