“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，杜牧的这两句诗，南京人都耳熟能详。但是很少有人知道，“四百八十寺”的起源就是大报恩寺，只是那时候不叫这名字。大报恩寺的历史从孙吴开始，历经各朝，有过长干寺、天禧寺等名字，大报恩寺塔的前身则是阿育王塔。南京大学历史系教授蒋赞初说，经过考证，阿育王塔约建于东汉献帝的兴平年间（公元194～195年），是南京最古老的佛塔，也是中国最早的佛塔之一。建塔者极有可能是秣陵人符融，他曾任徐州刺史陶谦麾下之广陵、下邳、彭城三郡的运漕官，并以漕运所得经费建庙盖塔。符融为最早见于正史的中国阁楼式佛塔的创始者，后退守故里秣陵，为孙策攻灭。

之后的一千年间，大报恩寺几经兴衰。到了明初，朱元璋在三年时间内花费黄金两万五千两，用于重建、维修该寺、塔。但是在1408年，该寺、塔被人放火焚毁。

1412年，朱棣下令重建大报恩寺，同时要求“造九级五色琉璃塔，曰第一塔”。大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建。重建工程历时16年（另一说法为19年），动用军夫工匠10万人，仅建塔一项费用，耗银就达248．548万两，把郑和下西洋剩下的100多万两也搭了进去。想要更加直观地读懂这些数字，可以查询一下当时的资料，当时国家一年的总收入不到3000万两，当时每年给官员发的工资总额才66.6万两。

而这时候，朱棣已经开始在北京修建宫殿、整修河道以通漕运，开始做迁都准备了。迁都可是国家最大的事情了，而且要花费巨额资金，那么在花大钱建造新都的同时，为何还要进行大报恩寺这样一个巨大工程？

这就是围绕大报恩寺的第一个谜团。明朝正史上说，朱棣此举是为了报答老爹朱元璋和老妈马皇后的养育之恩，但在传说中却不是这么回事。一种说法是朱棣的亲妈并不是马皇后，而是一个来自高丽的妃子，因为朱棣出生时尚未足月，所以朱元璋将她用酷刑处死。朱棣兴建寺塔，其实是为了纪念他的亲生母亲。另一种说法是，朱棣为夺皇位逼得侄儿朱允炆葬身火海，为减轻自己的罪过，他下令修寺建塔。