南京地方志研究专家马伯伦先生提出一个大胆的猜测，“上面的塔里就是大家最揪心的佛舍利，佛顶真骨，佛发和佛指甲，而塔下为什么还有一个四方形的物体呢？他认为，这个物体也许是这座微型宝塔的地宫，里面盛装了北宋复建长干寺时，所挖掘地宫里的圣物。同上面的七宝塔一起埋入铁函中。

而陕西专家韩伟认为，“从露出包裹丝织物的部分看，这是一座楼阁式的塔，这种塔形是佛教传入中国后的发展。塔下也可能还是个函，可能是金函，但银函的可能性比较大。里面的宝物可能早到东晋时期，由于“微型塔”本身装不了太多的圣物，塔下的函才能放更多的宝物。他认为，“可能历代供奉的宝物都在这个函里。因为金陵长干寺是传承有序的，历史上每次复建和重建都有记载。”