1980年当选为中国科学技术协会第一届全国委员会副主席。

1986年当选为中国科学技术协会第三届全国委员会主席。

1991年在中国科学技术协会第四届全国委员会第一次全体会议上，被授予中国科学技术协会名誉主席称号。当选为中国空气动力学研究会（1989年更名为中国空气动力学会）名誉理事长。当选为中国系统工程学会名誉理事长。

1982年任国防科学技术工业委员会科学技术委员会副主任。《论系统工程》出版，1988年《论系统工程》（增订版）出版。

1984年在中国科学院第五次学部委员（院士）大会上，被增选为中国科学院主席团执行主席。1992年，在中国科学院第六次学部委员（院土）大会上，被聘请为中国科学院学部主席团名誉主席。

1985年钱学森因对我国战略导弹技术的贡献，作为第一获奖者和屠守锷、姚桐斌、郝复俭、梁思礼、庄逢甘、李绪鄂等获全国科技进步特等奖。

1986年在政协第六届全国委员会第四次全体会议上，被增选为政协第六届全国委员会副主席，并相继当选为政协第七、第八届全国委员会副主席。

1988年兼任政协第七届全国委员会科学技术委员会主任。获（1985年度）国家科技进步奖特等奖。《关于思维科学》出版。

1987年被聘为国防科学技术工业委员会科学技术委员会高级顾问。《社会主义现代化建设的科学和系统工程》出版。

1988年《论人体科学》出版。《创建人体科学》、《人体科学与现代科技发展纵横观》和《论人体科学与现代科技》分别于1989年、1996年、1998年出版。

1989年获国际技术与技术交流大会和国际理工研究所授予的“W．F．小罗克韦尔奖章”“世界级科学与工程名人”和“国际理工研究所名誉成员”称号。

1991年获国务院、中央军委授予的“国家杰出贡献科学家”荣誉称号和中央军委授予的一级英雄模范奖章。《钱学森文集（1938～1956）》出版。

1994年在中国工程院第一次院士大会上，被选聘为中国工程院院士。《论地理科学》出版。《城市学与山水城市》出版，1996年《城市学与山水城市》（增订版）出版。

1999年，作为上述两书的续集《山水城市与建筑科学》出版。《科学的艺术与艺术的科学》出版。

1995年获何梁何利基金颁发的首届（1994年度）“何梁何利基金优秀奖”（后改称“何梁何利基金科学与技术成就奖”）。

1996年在交通大学百年校庆之际，由江泽民总书记题写馆名，第一次以我国科学家的名字命名的图书馆--钱学森图书馆，在西安交通大学隆重举行命名仪式。该图书馆坐落在西安交通大学的新世纪广场。

1998年被聘为解放军总装备部科学技术委员会高级顾问。在中国科学院第九次院士大会和中国工程院第四次院士大会上，被授予“中国科学院资深院士”“中国工程院资深院士”称号。

1999年获中共中央、国务院、中央军委颁发的“两弹一星功勋奖章”。

2000年《钱学森手稿（1938～1955）》出版。

2001年获霍英东奖金委员会颁发的第二届“霍英东杰出奖”（中国地区）。经国际小行星中心和国际小行星命名委员会审议批准，将中国科学院紫金山天文台发现的国际编号为3763号小行星，正式命名为“钱学森星”。《论宏观建筑与微观建筑》出版。《第六次产业革命通信集》出版。《创建系统学》出版。12月11日江泽民总书记看望钱学森，李岚清副总理一同看望。此前，1995年、1996年和1999年江泽民总书记曾先后三次到钱学森家中看望他。